Với mục tiêu củng cố, nâng cao năng lực hệ thống y tế trường học trong các cơ sở giáo dục mầm non và phổ thông gắn kết với hệ thống y tế cơ sở nhằm nâng cao chất lượng, hiệu quả hoạt động, đảm bảo các điều kiện chăm sóc sức khỏe cho trẻ em mầm non, học sinh, trong giai đoạn 2021- 2025, Chính phủ đặt mục tiêu: 100% chính quyền các cấp ở địa phương thực hiện rà soát, sắp xếp lại hệ thống y tế trường học trong các cơ sở giáo dục, xây dựng cơ chế quản lý và phương thức hoạt động y tế trường học phù hợp với điều kiện thực tiễn ở địa phương; 100% cơ sở giáo dục có nhân viên phụ trách công tác y tế trường học hoặc ký hợp đồng cung ứng dịch vụ với cơ sở y tế địa phương; 100% trung tâm y tế cấp huyện, trạm y tế cấp xã có phân công cán bộ phụ trách công tác y tế trường học… và 95% cơ sở giáo dục được bảo đảm điều kiện làm việc tối thiểu cho công tác y tế trường học như phòng làm việc, giường, trang thiết bị, dung cụ sơ cấp cứu thông thường, thuốc thiết yếu và nguồn kinh phí trích lại từ BHYT dành cho chăm sóc sức khỏe ban đầu đối với học sinh.

Để thực hiện được các mục tiêu trên, Chính phủ yêu cầu hoàn thiện hệ thống văn bản, chính sách về công tác y tế trường học gắn với y tế cơ sở (trong đó, có tiêu chuẩn chế độ, chính sách đối với nhân viên y tế trường học, việc kiểm tra sức khỏe định kỳ cho học sinh, BHYT, kinh phí hoạt động, trang thiết bị thiết yếu…); rà soát, sắp xếp đội ngũ nhân viên y tế trường học tại các cơ sở giáo dục; tăng cường hiệu quả công tác phối hợp liên ngành về công tác y tế trường học gắn với y tế cơ sở; tăng cường đào tạo, bồi dưỡng, nâng cao năng lực chuyên môn, nghiệp vụ cho cán bộ, nhân viên làm công tác y tế trường học; tăng cường cơ sở vật chất, trang thiết bị y tế và huy động xã hội hóa về y tế trường học trong các cơ sở giáo dục (trong đó, có cơ chế khuyến khích hệ thống y tế ngoài công lập tham gia vào công tác chăm sóc sức khỏe ban đầu cho học sinh trong các cơ sở giáo dục, huy động đầu tư của cá nhân, tổ chức, DN cho công tác y tế trường học, tập trung vào một số lĩnh vực như dinh dưỡng học đường, công trình nước sạch, nhà vệ sinh, chuyển đổi số trong lĩnh vực y tế trường học).