Thông tư 39 với các phụ lục đính kèm đề cập chi tiết: Giá dịch vụ khám bệnh, hội chẩn; giá dịch vụ ngày giường bệnh; giá dịch vụ kỹ thuật y tế. Thông tư nêu rõ, cơ cấu giá dịch vụ KCB BHYT được xây dựng trên cơ sở chi phí trực tiếp và tiền lương, để bảo đảm cho việc khám bệnh, chăm sóc, điều trị người bệnh và thực hiện các dịch vụ kỹ thuật y tế.

Về nguyên tắc áp dụng giá dịch vụ đối với các cơ sở y tế có ký hợp đồng KCB BHYT, Thông tư 39 quy định rõ: Các cơ sở KCB áp dụng mức giá của BV hạng tương đương. Riêng những cơ sở KCB chưa được phân hạng, phòng khám quân y, phòng khám quân dân y, bệnh xá quân y, bệnh xá, phòng khám đa khoa, phòng khám chuyên khoa tư nhân thì áp dụng mức giá của BV hạng IV.

Đáng chú ý, Thông tư 39 có điều khoản đề cập các nguyên tắc xác định số lần, mức giá và thanh toán tiền khám bệnh trong một số trường hợp cụ thể, theo hướng có lợi cho người dân. Trong điều khoản này, Thông tư cũng yêu cầu các cơ sở y tế phải điều phối, bố trí nhân lực, số bàn khám phải “bảo đảm chất lượng khám bệnh”.

Đính kèm yêu cầu này là giải pháp chế tài cụ thể đối với các cơ sở KCB. Theo đó, Thông tư 39 nêu rõ, cơ quan BHXH không thanh toán phí KCB, nếu cơ sở y tế không bảo đảm chất lượng khám bệnh. Cụ thể: “Đối với các bàn khám khám trên 65 lượt khám/1 ngày, cơ quan BHXH chỉ thanh toán bằng 50% mức giá khám bệnh từ lượt khám thứ 66 trở lên của bàn khám đó. Trong thời gian tối đa 1 quý, cơ sở y tế vẫn còn có bàn khám khám trên 65 lượt/ngày, thì cơ quan BHXH không thanh toán tiền khám bệnh từ lượt khám thứ 66 trở lên của bàn khám đó.

Thông tư 39 cũng quy định chi tiết các công thức xác định số ngày giường, áp dụng mức giá và thanh toán tiền ngày giường giữa cơ quan BHXH và cơ sở y tế; đồng thời áp dụng giá và điều kiện, mức thanh toán của một số dịch vụ kỹ thuật đặc thù. Đáng chú ý là các công thức xác định thanh toán BHYT đối với dịch vụ chẩn đoán hình ảnh (X-Quang, siêu âm, CT-Scan, MRI)- vốn phải sử dụng nhiều tại các cơ sở KCB nhằm hỗ trợ các bác sĩ chẩn đoán chính xác bệnh theo nguyên lý y học bằng chứng.