Thông tư quy định rõ, các trường học phải có phòng y tế riêng, bảo đảm diện tích, ở vị trí thuận tiện cho công tác sơ cứu, cấp cứu và chăm sóc sức khỏe học sinh. Phòng y tế của các trường tiểu học, trung học cơ sở, trung học phổ thông, trường phổ thông có nhiều cấp học, trường chuyên biệt được trang bị tối thiểu 01 giường khám bệnh và lưu bệnh nhân, bàn làm việc, ghế, tủ đựng dụng cụ, thiết bị làm việc thông thường, cân, thước đo, huyết áp kế, nhiệt kế, bảng kiểm tra thị lực, bộ nẹp chân, tay và một số thuốc thiết yếu phục vụ cho công tác sơ cấp cứu và chăm sóc sức khỏe học sinh theo quy định. Đối với các cơ sở giáo dục mầm non cần có các trang bị, dụng cụ chuyên môn và thuốc thiết yếu phù hợp với lứa tuổi;
Nhân viên y tế trường học phải có trình độ chuyên môn từ y sĩ trung cấp trở lên. Căn cứ điều kiện thực tiễn tại địa phương, các trường học bố trí nhân viên y tế trường học đáp ứng quy định tại Điểm này hoặc ký hợp đồng với Trạm Y tế xã, phường, thị trấn (sau đây gọi tắt là Trạm Y tế xã) hoặc cơ sở khám bệnh, chữa bệnh từ hình thức phòng khám đa khoa trở lên để chăm sóc sức khỏe học sinh;
Phòng Y tế thực hiện kiểm tra sức khỏe vào đầu năm học để đánh giá tình trạng dinh dưỡng và sức khỏe: đo chiều cao, cân nặng đối với trẻ dưới 36 tháng tuổi; đo chiều cao, cân nặng, huyết áp, nhịp tim, thị lực đối với học sinh từ 36 tháng tuổi trở lên. Đo chiều cao, cân nặng, ghi biểu đồ tăng trưởng, theo dõi sự phát triển thể lực cho trẻ dưới 24 tháng tuổi mỗi tháng một lần và cho trẻ em từ 24 tháng tuổi đến 6 tuổi mỗi quý một lần; theo dõi chỉ số khối cơ thể (BMI) ít nhất 02 lần/năm học để tư vấn về dinh dưỡng hợp lý và hoạt động thể lực đối với học sinh phổ thông. Thường xuyên theo dõi sức khỏe học sinh, phát hiện giảm thị lực, cong vẹo cột sống, bệnh răng miệng, rối loạn sức khỏe tâm thần và các bệnh tật khác để xử trí, chuyển đến cơ sở khám bệnh, chữa bệnh theo quy định và áp dụng chế độ học tập, rèn luyện phù hợp với tình trạng sức khỏe.Phối hợp với các cơ sở y tế có đủ điều kiện để tổ chức khám, điều trị theo các chuyên khoa cho học sinh.
Các trường học có trách nhiệm tổ chức triển khai thực hiện đầy đủ các nội dung về y tế trường học được quy định tại Thông tư liên tịch này. Bảo đảm về cơ sở vật chất, trang thiết bị, thuốc cho nhân viên y tế trường học thực hiện nhiệm vụ. Đề xuất với cơ quan có thẩm quyền để bảo đảm nhân lực thực hiện công tác y tế trường học. Kiện toàn Ban chăm sóc sức khỏe học sinh, Trưởng ban là đại diện Ban giám hiệu, Phó trưởng ban là Trạm trưởng Trạm Y tế xã, ủy viên thường trực là nhân viên y tế trường học, các ủy viên khác là giáo viên giáo dục thể chất, Tổng phụ trách Đội (đối với cơ sở giáo dục tiểu học và trung học cơ sở), đại diện Đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh, Hội Chữ thập đỏ trường học, Ban đại diện cha mẹ học sinh.
Trong trường hợp có quy hoạch, xây dựng mới, cải tạo, sửa chữa trường học, mua sắm trang thiết bị, đồ dùng học tập, đồ chơi trẻ em, thuốc, trang thiết bị y tế phải thực hiện hoặc tham mưu với cơ quan có thẩm quyền thực hiện theo các quy chuẩn, tiêu chuẩn hiện hành.
Thông tư liên tịch này có hiệu lực từ ngày 30/6/2016.
Đối với các trường học hiện nay đang sử dụng và vận hành, cần phải xây dựng lộ trình để bảo đảm các yêu cầu về quy hoạch, thiết kế, xây dựng theo các tiêu chuẩn, quy chuẩn hiện hành trước ngày 01/01/2020./.