Theo Thông tư 46/2016/TT-BYT, Danh mục Bệnh cần chữa trị dài ngày bao gồm 332 bệnh, xếp vào 17 nhóm bệnh, bao gồm: Bệnh nhiễm trùng và ký sinh trùng; bướu tân sinh (neoplasm); bệnh của máu, cơ quan tạo máu và các rối loạn liên quan đến cơ chế miễn dịch; bệnh nội tiết, dinh dưỡng và chuyển hóa; bệnh tâm thần; bệnh hệ thần kinh; bệnh mắt và phần phụ của mắt; bệnh lý tai mũi họng; bệnh hệ tuần hoàn; bệnh hệ hô hấp; bệnh hệ tiêu hóa; bệnh da và mô dưới da; bệnh hệ cơ - xương - khớp và mô liên kết; bệnh hệ sinh dục - tiết niệu; thai nghén, sinh đẻ và hậu sản; vết thương ngộ độc và hậu quả của một số nguyên nhân bên ngoài; các yếu tố ảnh hưởng đến tình trạng sức khỏe và tiếp xúc dịch vụ y tế.

So với Danh mục bệnh cần chữa trị dài ngày kèm theo Thông tư 14/2016/TT-BYT, Danh mục mới bổ sung thêm một số loại bệnh vào các nhóm bệnh, có thể kể đến biến chứng sau sảy thai, chửa trứng, chửa ngoài tử cung (O08 (O08.0-O08.9), thuộc nhóm bệnh Thai nghén, sinh đẻ và hậu sản); rối loạn ám ảnh nghi thức - F42, rối loạn stress sau sang chấn - F43.1, các rối loạn nhân cách đặc hiệu - F60 (nhóm bệnh tâm thần); nhóm bệnh tai và xương chũm đổi tên thành nhóm bệnh lý tai mũi họng và bổ sung các bệnh Papilome thanh quản - B97.7, viêm tai giữa mạn tính - H66.3, sẹo hẹp khí quản - Q32.4 vào nhóm bệnh này.

Tại Thông tư 46/2016/TT-BYT nêu rõ, Cục trưởng Cục Quản lý Khám, chữa bệnh chủ trì, phối hợp với các đơn vị liên quan chỉ đạo, tổ chức và kiểm tra việc thực hiện Thông tư này đối với các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh. Giám đốc Sở Y tế tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, Thủ trưởng Y tế Bộ, ngành có trách nhiệm chỉ đạo, tổ chức và kiểm tra việc thực hiện Thông tư này đối với cơ sở khám bệnh, chữa bệnh thuộc thẩm quyền quản lý. Thủ trưởng cơ sở khám bệnh, chữa bệnh có trách nhiệm tổ chức thực hiện việc chẩn đoán xác định đúng bệnh theo Danh mục quy định tại Thông tư này và chịu trách nhiệm trước pháp luật về kết luận chẩn đoán xác định. Trong quá trình thực hiện nếu có khó khăn, vướng mắc, đề nghị các cơ quan tổ chức, cá nhân phản ánh kịp thời về Cục Quản lý Khám, chữa bệnh - Bộ Y tế xem xét, giải quyết.