Với đối tượng thụ hưởng là HS đang được nuôi dưỡng, chăm sóc, giáo dục tại trường học, Chương trình Sức khỏe học đường giai đoạn 2021-2025 đặt mục tiêu chăm sóc, bảo vệ và quản lý sức khỏe HS, bao gồm các chỉ tiêu: 80% trường học bảo đảm các điều kiện thực hiện công tác y tế trường học, chăm sóc sức khỏe HS theo quy định; 85% trường học thực hiện kiểm tra sức khỏe HS đầu năm học theo quy định; 50% trường học thực hiện việc đánh giá phát hiện sớm các yếu tố nguy cơ về bệnh không lây nhiễm, sức khỏe tâm thần cho HS; 75% trường học cung cấp đủ nước uống và nước sạch cho sinh hoạt, hoạt động trong trường học bảo đảm chất lượng theo quy định; 100% trường học có nhà vệ sinh cho HS, trong đó 50% trường học có đủ nhà vệ sinh cho HS theo quy định và 80% nhà vệ sinh bảo đảm điều kiện hợp vệ sinh; 80% trường học đạt tiêu chuẩn trường học an toàn; 75% phòng học đạt yêu cầu về chiếu sáng (độ rọi không dưới 300 Lux); 50% trường học phổ thông bố trí bàn ghế bảo đảm cỡ số theo nhóm chiều cao của HS, phù hợp cho HS khuyết tật.

Bên cạnh đó, Chương trình cũng đặt ra các mục tiêu về công tác giáo dục thể chất và hoạt động thể thao trong trường học; tổ chức bữa ăn học đường, bảo đảm dinh dưỡng hợp lý trong trường học; tuyên truyền, giáo dục sức khỏe học đường trong trường học; ứng dụng công nghệ thông tin vào chăm sóc, bảo vệ, quản lý sức khỏe học sinh và thống kê, báo cáo trong trường học. Và 7 nhóm nhiệm vụ và giải pháp, liên quan đến: Bổ sung, nâng cấp cơ sở vật chất, trang thiết bị trong trường học (bố trí cơ sở vật chất, trang thiết bị, dụng cụ, thuốc, vật tư y tế nhằm bảo đảm đủ điều kiện triển khai hiệu quả công tác sức khỏe học đường và đáp ứng yêu cầu phòng, chống dịch bệnh theo quy định, ưu tiên và đẩy mạnh việc hoàn thiện cơ sở vật chất, bố trí trang thiết bị để bảo đảm điều kiện dạy và học, nâng cao chất lượng công tác sức khỏe học đường, nhất là y tế và bữa ăn học đường đối với các vùng khó khăn và đặc biệt khó khăn, vùng sâu, vùng xa, miền núi, vùng đồng bào dân tộc thiểu số...); Tăng cường và nâng cao chất lượng nguồn nhân lực; Đổi mới công tác giáo dục thể chất, hoạt động thể thao trường học; Đẩy mạnh ứng dụng công nghệ thông tin trong quản lý, điều hành, giám sát, thống kê, báo cáo; Tăng cường công tác truyền thông, giáo dục và vận động xã hội; Hoàn thiện cơ chế, chính sách, phối hợp liên ngành, tăng cường trách nhiệm triển khai (xây dựng, bổ sung và hoàn thiện các quy định pháp luật về giáo dục, chăm sóc, bảo vệ và quản lý sức khỏe học sinh, đặc biệt đối với vùng khó khăn và đặc biệt khó khăn, vùng sâu, vùng xa, miền núi, vùng đồng bào dân tộc thiểu số); Đẩy mạnh xã hội hóa và tăng cường hợp tác quốc tế.