Dự thảo Thông tư cũng lưu ý, quỹ BHYT không thanh toán đối với các trường hợp: Chi phí các thuốc đã được kết cấu vào giá của dịch vụ kĩ thuật, khám bệnh, ngày giường điều trị hoặc giá thu trọn gói theo ca bệnh theo quy định hiện hành; phần chi phí của các thuốc đã được NSNN hoặc các nguồn kinh phí khác chi trả; thuốc được sử dụng trong thử nghiệm lâm sàng, nghiên cứu khoa học.

Bên cạnh quy định thanh toán chi phí thuốc đối với cơ sở KCB, dự thảo Thông tư cũng quy định, trường hợp cơ sở KCB sử dụng các thuốc không đi kèm với thực hiện dịch vụ kĩ thuật thì được sử dụng các thuốc cần thiết để điều trị cho người bệnh. Quỹ BHYT thanh toán đối với các thuốc vượt hạng khi được cấp có thẩm quyền theo quy định.

Trường hợp BV vệ tinh đã hoàn thành chuyển giao từ các BV hạt nhân, việc sử dụng và thanh toán thuốc vượt hạng thực hiện theo quy định tại Khoản 5 và 6 Điều 4 của Thông tư. Trường hợp BV vệ tinh đang trong quá trình thực hiện chuyển giao được chuyển giao dịch vụ kĩ thuật và điều trị nội khoa từ BV hạt nhân, quỹ BHYT thanh toán các thuốc thực hiện dịch vụ kĩ thuật và thuốc có trong phác đồ điều trị đã được chuyển giao; quỹ BHYT thanh toán thuốc vượt hạng khi được cấp có thẩm quyền theo quy định tại Điều 6 Thông tư.

Trong một số trường hợp cụ thể, quỹ BHYT thanh toán chi phí đối với thuốc như sau: Các dạng đồng phân hóa học khác hoặc các dạng muối khác của hoạt chất (kể cả dạng đơn thành phần và dạng phối hợp đa thành phần, trừ vitamin và khoáng chất) có trong Danh mục thuốc quy định tại Phụ lục 01 ban hành kèm theo Thông tư đều được quỹ BHYT thanh toán nếu có cùng chỉ định với dạng hóa học hoặc thuốc ghi trong Danh mục thuốc. Thuốc được xếp nhóm này dùng điều trị bệnh thuộc nhóm khác được quỹ BHYT thanh toán nếu có chỉ định phù hợp hoặc thực hiện đúng với quy định. Một số thuốc có quy định điều kiện, tỷ lệ thanh toán được quỹ BHYT thanh toán theo quy định tại cột 8 của Danh mục thuốc tại Phụ lục 01 ban hành kèm theo Thông tư.

Trường hợp theo chỉ định chuyên môn, người bệnh chỉ sử dụng một phần lượng thuốc trong một đơn vị đóng gói nhỏ nhất và lượng thuốc còn lại không thể sử dụng được, quỹ BHYT thanh toán toàn bộ theo giá của đơn vị đóng gói nhỏ nhất. Các thuốc có ký hiệu dấu sao (*) là thuốc phải được hội chẩn trước khi sử dụng, trừ trường hợp cấp cứu, quỹ BHYT thanh toán khi thực hiện đúng quy trình hội chẩn khi kê đơn theo quy định của Bộ Y tế về Hướng dẫn thực hiện quản lý sử dụng kháng sinh trong BV. Đối với các thuốc điều trị ung thư, quỹ BHYT thanh toán đối với thuốc này khi thuốc chỉ được sử dụng để điều trị ung thư; được chỉ định bởi bác sĩ được cấp chứng chỉ hành nghề KCB có phạm vi hoạt động chuyên môn là ung bướu hoặc huyết học truyền máu theo quy định. Đối với các thuốc do cơ sở KCB tự bào chế hoặc pha chế được quỹ BHYT thanh toán khi hoạt chất của thuốc có trong Danh mục quy định; phù hợp về đường dùng, dạng dùng, hạng BV được sử dụng quy định trong Danh mục; sử dụng tại cơ sở KCB đó; người đứng đầu cơ sở KCB có trách nhiệm phê duyệt…

Đặc biệt, đối với thuốc sử dụng trong hội chẩn từ xa, khi người bệnh đang điều trị nội trú ở cơ sở KCB (không bao gồm điều trị nội trú ban ngày) và được sử dụng thuốc theo hướng dẫn về chuyên môn và/hoặc chỉ định điều trị tại buổi hội chẩn từ xa với cơ sở KCB khác được giao nhiệm vụ chỉ đạo tuyến thông qua Hệ thống hội chẩn từ xa (Telemedicine), quỹ BHYT thanh toán khi thuốc đó được cơ sở KCB đang điều trị nội trú cho người bệnh mua sắm theo quy định của pháp luật về đấu thầu, mà không phụ thuộc vào hạng của BV. Ngoài ra, quỹ BHYT thanh toán cho thuốc vượt hạng khi thuốc được ghi rõ trong phần Phương pháp điều trị của Biên bản hội chẩn từ xa quy định tại Phụ lục 1 ban hành kèm theo Thông tư số 49/2017/TT-BYT của Bộ trưởng Bộ Y tế.