Nội dung này được hướng dẫn cụ thể tại Thông tư liên tịch số 41/2014/TTLT-BYT-BTC của liên bộ Bộ Y tế và Bộ Tài chính, theo đó tất cả học sinh, sinh viên từ cấp học mầm non cho đến đại học; các cơ sở giáo dục quản lý học sinh, sinh viên gồm công lập, dân lập, tư thục, kể cả các nhóm trẻ... là những đơn vị được cấp kinh phí để chăm sóc sức khỏe ban đầu tại nhà trường khi có đủ điều kiện theo quy định. 

Đối với cơ sở giáo dục mầm non, mức kinh phí được cấp bằng 5% tổng thu quỹ BHYT tính trên tổng số trẻ em dưới 6 tuổi đang theo học tại cơ sở. Ví dụ một trường mầm non năm học 2018 - 2019 có 500 cháu đang theo học, số tiền được cấp là 5% x 500 x 1.1390.000 x 4,5% x 12 = 18.765.000 đồng.

Đối với cơ sở giáo dục khác từ cấp tiểu học trở lên, mức kinh phí được cấp bằng 7% tổng thu quỹ BHYT tính trên tổng số học sinh, sinh viên đang theo học tại cơ sở giáo dục có tham gia BHYT (kể cả học sinh, sinh viên tham gia BHYT theo nhóm đối tượng khác). Ví dụ trường tiểu học A năm học 2018 - 2019 có 1.000 em đang theo học, trong đó có 200 em thuộc hộ nghèo, 100 em là thân nhân của lực lượng quân đội, 100 em là thân nhân của người có công với cách mạng, 200 là đồng bào dân tộc thiểu số sống ở vùng có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn và có 400 em đã đóng BHYT tại trường học, số tiền được cấp bằng 7% x 1.000 x 1.1390.000 x 4,5% x 12 = 52.542.000 đồng.

Để cơ sở giáo dục chủ động sử dụng, xây dựng kế hoạch và triển khai thực hiện công tác y tế học đường thì kinh phí chăm sóc sức khỏe ban đầu được cấp vào đầu năm học, khóa học.

Tuy nhiên, những năm qua công tác chăm sóc sức khỏe ban đầu cho học sinh, sinh viên tại nhà trường thực hiện chưa tốt, do một số trường chưa nắm rõ quy định này, mặt khác nếu có đề nghị cấp thì các nhà trường đưa ra những khó khăn đó là việc lập danh sách và ghi thông tin mã thẻ BHYT đối với số học sinh, sinh viên tham gia ở các nhóm đối tượng được nhà nước cấp thẻ BHYT. Ở các trường mầm non, mẫu giáo, học sinh đều là trẻ em dưới 6 tuổi thuộc nhóm được ngân sách nhà nước đóng BHYT 100%, nên một số trường không biết đến khoản kinh phí này, do vậy phải trích từ kinh phí chi thường xuyên, các khoản xã hội hóa... nên rất khó khăn, hạn chế trong việc thực hiện công tác chăm sóc sức khỏe ban đầu.

Hồ sơ, thủ tục cấp kinh phí rất đơn giản, các cơ sở giáo dục có văn bản đề nghị, kèm theo danh sách học sinh của trường (có mã thẻ BHYT) gửi Bảo hiểm xã hội (BHXH) huyện, thị xã, thành phố để được trích chuyển tiền theo quy định. Để có mã thẻ BHYT của học sinh thuộc đối tượng khác trong danh sách học sinh đề nghị cấp kinh phí, các cơ sở giáo dục có thể tra cứu mã thẻ trên trang thông tin của BHXH Việt Nam, trên dữ liệu thu của BHXH huyện, thị xã, thành phố, hoặc từ danh sách cấp thẻ của xã, phường, thị trấn nơi các em đang cư trú.

Những cơ sở giáo dục bố trí người chuyên trách công tác y tế học đường chưa đạt trình độ y sỹ thì phải có hợp đồng chăm sóc sức khỏe ban đầu với cơ sở khám chữa bệnh thì mới đủ điều kiện để được trích chuyển kinh phí này.

Công tác y tế học đường đối với học sinh mầm non, mẫu giáo rất quan trọng, các cơ sở giáo dục cần quan tâm thực hiện theo đúng theo hướng dẫn tại Thông tư liên tịch số 13/2016/TTLT-BYT-BGDDT ngày 12/5/2016 của Liên Bộ Y tế và Bộ Giáo dục và Đào tạo, tranh thủ các nguồn kinh phí, trong đó kinh phí trích từ quỹ BHYT cũng góp phần thực hiện tốt công tác chăm sóc sức khỏe ban đầu tại nhà trường, đảm bảo cho các em có sức khỏe thể lực tốt để bước vào các cấp học tiếp theo.