Một hành trình hơn 18 tháng triển khai đã đạt được con số quan trọng. Để đạt được con số ấn tượng này là những khó khăn, gian nan mà đội ngũ làm công tác phòng, chống HIV/AIDS, những tuyên truyền viên không ngừng cố gắng. Tuy vậy, ngoài những kết quả đạt được thì vẫn còn những khó khăn trong quá trình thực hiện như: Người nhiễm HIV không muốn sử dụng BHYT vì lo ngại kỳ thị và phân biệt đối xử. Hiện vẫn chưa có cơ chế mua thẻ BHYT cho người nhiễm HIV ngoại tỉnh không đăng ký thủ tục tạm trú, trong khi đó rất nhiều người nhiễm HIV không có giấy tờ tùy thân để mua thẻ BHYT; thậm chí nhiều người e ngại lộ thông tin nên không bộc lộ danh tính... Việc sử dụng và thanh toán tiền thuốc ARV bằng nguồn BHYT còn rất thấp. Số tiền thanh toán mới được gần 40% tổng số hợp đồng đã ký. Ngoài ra, vấn đề đấu thầu thuốc cho năm 2020 còn chậm; việc điều phối thuốc vẫn còn khó khăn. Hiện đang có các nguồn thuốc khác nhau, từ nguồn chương trình mục tiêu, nguồn ngân sách, nguồn viện trợ của tổ chức quốc tế. Tuy nhiên, nguồn chương trình mục tiêu quốc gia và viện trợ còn có thể điều phối, nhưng nguồn từ BHYT thì không thể điều phối, không thể dùng thuốc BHYT cho các người bệnh khác, cũng không thể dùng thuốc nguồn khác cho người bệnh đã chuyển sang BHYT.
 
Anh Phạm Đức H. nhóm Niềm tin xanh Hà Nội cho rằng: Việc sử dụng quỹ BHYT chi trả thuốc ARV giúp những người nhiễm HIV hưởng lợi nhiều nhất và yên tâm về nguồn thuốc chữa bệnh suốt đời. Về phía cơ quan quản lý, khi sử dụng thẻ BHYT có thể quản lý được người nhiễm HIV và chủ động cho công tác phòng, chống HIV, tránh được lây lan vi-rút HIV ra cộng đồng. Tuy nhiên, có mặt khó cho người nhiễm HIV là khi đăng ký BHYT họ sẽ lộ thông tin cá nhân. Đây là điều mà phần lớn những người nhiễm HIV lo ngại, vì lộ thông tin dẫn đến sự kỳ thị tại chính địa phương mình. Có một số người đã tự ý mua thuốc bên ngoài để điều trị, nhưng nguồn thuốc mua bên ngoài không bảo đảm chất lượng và cũng không đủ kinh phí để họ điều trị suốt đời.
 
Theo TS Nguyễn Hoàng Long, Cục trưởng Phòng, chống HIV/AIDS (Bộ Y tế), BHYT là “cột sống” của chương trình điều trị HIV/AIDS bền vững của một quốc gia. Gần hai năm qua, Bộ Y tế đã phối hợp Bảo hiểm Xã hội Việt Nam để triển khai nhiều giải pháp nhằm tăng độ bao phủ BHYT cho người nhiễm HIV, cũng như cải thiện chất lượng cung cấp dịch vụ điều trị HIV thông qua BHYT. Bộ Y tế sẽ tiếp tục tuyên truyền sâu rộng hơn nữa để đạt mục tiêu 90% người nhiễm HIV đã có thẻ BHYT được đưa vào điều trị thuốc ARV; nhất là đạt mục tiêu hết năm 2020, sẽ tăng lên 100 nghìn người bệnh dùng thuốc ARV qua BHYT. Việc bảo mật thông tin của người nhiễm cũng được đặc biệt chú trọng. Hiện nay tại các cơ sở khám, chữa bệnh sẽ chỉ giao cho một người có quyền truy cập vào hệ thống thông tin liên quan đến điều trị HIV/AIDS. Do vậy, tại mỗi cơ sở điều trị sẽ chỉ có một người biết thông tin liên quan đến người nhiễm HIV. Bên cạnh đó, khi tham gia BHYT, điều kiện đăng ký cũng chỉ là tên, tuổi, địa chỉ nơi mình sinh sống... chứ không phải kê khai tình trạng bệnh, cho nên người nhiễm HIV cũng không phải lo ngại chuyện lộ thông tin để dẫn đến bị kỳ thị tại địa phương như một số người lo ngại. Điều quan trọng là, khi tham gia BHYT bản thân người nhiễm HIV sẽ được hưởng lợi, được cung cấp thuốc ARV trọn đời để bảo đảm sự sống cho bản thân.